Алхимия — наука о преобразовании материи из одной формы в другую. Ее основное правило — ты можешь получить что-нибудь, лишь отдав взамен нечто равноценное. Эдварду и Альфонсу Элрикам, сыновьям великого алхимика, было всего 11 и 10 лет, когда они решили, что знают об алхимии достаточно, чтобы вернуть к жизни свою покойную мать. Но не зря на создание человека наложен запрет — братья потерпели неудачу и заплатили за свою ошибку страшную цену: Эдвард потерял ногу, а Альфонс был поглощен целиком. Лишь пожертвовав правой рукой, Эдвард сумел вернуть душу Альфонса и присоединить ее к старинному доспеху.
Заменив утраченные руку и ногу металлическими протезами, Эдвард вместе с братом покидает родной городок, где поступает на государственную службу, дабы получить доступ к обширным ресурсам военных. Отныне братья еще отчаянней стремятся раскрыть тайну человеческого преобразования — теперь уже ради того, чтобы вернуть друг другу прежние тела. Цель их поисков — легендарный философский камень, который позволяет обойти принцип равнозначного обмена. Однако вскоре братья выясняют, что не они одни ищут философский камень, и что они ввязались в серьёзную игру…